L'ESESJCluny est dotée de la personnalité juridique et jouit d'une autonomie scientifique, pédagogique, culturelle, disciplinaire, administrative et financière, dans le respect des principes et règles de base du Système National d'Enseignement Supérieur, tels qu'énoncés dans la Loi. Ainsi, il est accrédité par l'Agence d'évaluation et d'accréditation de l'enseignement supérieur (A3ES), ainsi que son système interne d'assurance qualité (SIGQ) et l'ensemble de ses cours.